La historia se centra en Fei Fong Wong, un chico de 18 años que misteriosamente es llevado a Lahan por un hombre enmascarado, hace tres años. Fei no recuerda nada de su juventud; y va teniendo flashbacks de sus momentos pasados felices y traumáticos. Al comenzar el juego, el jugador empieza en un pueblecito pacífico, como un RPG tradicional, pero las cosas se tuercen cuando se ven envueltos en medio de la Guerra entre Av y Kislev. Siguiendo los acontecimientos, Fei deja un pueblecito y se ve con el peso de salvar a la humanidad. Por el camino, Fei y sus aliados descubren la verdad sobre la historia del planeta, un pasado lleno de manipulaciones por un ser conocido como Dios.
En un principio, Squaresoft quiso llamar al juego Proyecto Noah. Después fue cambiado por Xenogears por razones desconocidas. Es la quinta parte de seis historias detalladas en el libro Perfect Works; y en el final del juego se ve que pone en los créditos, “Episodio V”.